Genera conocimiento que permita incrementar la eficiencia de las micro, pequeñas y medianas empresas (MiPyMes) a través de la mejora en los sistemas y procesos de organización, producción, innovación tecnológica, gestión y comercialización sustentable de los recursos naturales, de manera económicamente redituable, social y ambientalmente benéfica.
Se enfoca a la aplicación de la ciencia y tecnología al análisis e innovación de los procesos que permiten conservar y transformar los recursos naturales, se implementan metodologías que permiten la planeación racional de la explotación de los recursos naturales, se busca el desarrollo de tecnologías sustentable, búsqueda del máximo aprovechamiento de los recursos naturales encaminado a minimizar el desperdicio y optimizar la utilización de éstos recursos en nuevas aplicaciones que añadan plusvalía a su explotación racional.
Se genera conocimiento acerca de la distribución, abundancia y composición de los recursos bióticos nativos y sus interacciones con el ambiente y el ser humano. Esta información es esencial para fundamentar bases científicas sólidas sobre las cuales se diseñan planes de conservación, manejo y restauración de los ecosistemas naturales y las especies que los componen. La temática del cambio climático se ha ido incorporando como respuesta a la gran preocupación que se tiene acerca de sus efectos en la biodiversidad.
Realiza investigación básica y aplicada encaminada a promover buenas prácticas de conservación y aprovechamiento de cultivos básicos de importancia industrial y hortofrutícolas de importancia cultural, social y económica para Oaxaca y el país. Se abordan tópicos sobre el manejo integrado de plagas y enfermedades de cultivos, microbiología agrícola, manejo y conservación de suelos, conservación de plantas nativas, cultivos sin suelo, etc., todo bajo un enfoque sustentable.